بدأت فكرة مشروع الموسوعة قبل أكثر من ثلاثة أعوام، حينما شرعت سونا في التخطيط لإسهام في تصحيح صورة السودان في الإعلام بإنتاج أفالم وثائقية لبعض المعالم والمرافق والمواقف السودانية المهمة، التي كان من بينها جامعة الخرطوم ومشروعالجزيرة والجيش السوداني ودعم حركات التحرر في إفريقيا، لتقديم السودان من خلالها.
أعلن مشروع الموسوعة لأول مرة في المؤتمر القومي الثاني لقضايا الإعلام في شهر يونيو 2014م ضمن الورقة التي أعدتها سونا للمؤتمر، عقب إخضاعها للنقاش في اللجان المتخصصة والورش التحضيرية للمؤتمر ثم سجلت كاسم عمل وفقا لقانون الشركات وأسماءالأعمال, بالشهادة رقم 92971 في تأريخ 6 نوفمبر 2014م. بعد موافقة وزارة مجلس الوزراء, في خطابها بالرقم أ ع/ م و / 1 /أ/ه/4/6 في تأريخ 6 أكتوبر 2014م، استنادا على مخاطبة وزير الإعلام في خطابه بالرقم وإ/م و/1 ، في تأريخ 16 أكتوبر 2014م.وقد بدأت الخطوات العملية في الإعداد للموسوعة بحجز كل نطاقات الأسماء (domain names) , ذات الصلة على الإنترنت. بالتزامن مع البدء في تصميم برنامج إدارة المحتوى، وقُدرت إحتياجات المشروع وأدرجت في موازنة سونا للعام 2015م, ثم شكلت له إدارةخاصة من جهات متخصصة لدراسة تفاصيل المشروع من كل جوانبه ووصفه في شكله النهائي ليكون جاهزاً للإنطلاق.
وتأتي الموسوعة تنفيذا مباشرا لأحد أهم أغراض الوكالة, وفقا ألمر تأسيسها لعام 2007م والقاضي بتطوير مركز المعلومات والبحوث، الذي يمثل أهم مصادر المعلومات لمرافق الدولة في مناسباتها المختلفة إذ كان يفوز بالمراكز المتقدمة في كل المنافسات التي أقامها المجلس القومي للصحافة والمطبوعات في مجال المعلومات.وتعد الموسوعة البداية الحقيقية المنظمة لإستنفار العلماء والخبراء السودانيين ليكونوا صفا واحدا كالبنيان المرصوص. لإعادة كتابةتأريخ السودان. وإماطة اللثام عن الوقائع المهمة التي حدثت على أرضه والأدوار الكبيرة لشعبه وإسهاماته في الحضارة الإنسانيةوتوجيه البحوث والدراسات للتعرف على موارده وإمكانياته لتوظيفها في خدمة مستقبله ولكشف الستر عن سر الإهتمام الكبير الذيظل يحظى به السودان، أرضاً وشعباً منذ قديم الزمان وحتى الآن, على نحو رائد ومستقل.ترجو سونا – بإنفاذ هذا المشروع – أن تكون قد أكملت الدائرة في مجال تخصصها الإخباري بربطها لماضي السودان بحاضره ومستقبله. على منهج القرآن الكريم – فيه خبر ما قبلكم، وحكم مابينكم، ونبأ ما بعدكم- وإتباعاً لطريقته في تغطية الحياة االنسانية, وأن تكون مصدرا أساسيا, يتقدم كل المصادر التي ترصدها ماكينات البحث على الإنترنت ومرجعا حقيقيا الخبار السودان كما ترجو الوكالة أن تسهم في تعزيز ثقة السودانيين في أنفسهم، وأرضهم، وتأريخهم. وأن تبعث الأمل في نفوسهم ومستقبلهم وأن تزيد وعيهم بالمخاطرالتي تحيط بهم حسدا، وطمعا، من أعدائهم الظاهرين والمستترين في خضم الفوضى و الإنفلات الإعلامي السائدين في وسائط التواصل الإجتماعي ويمكن أن يضاف إلى ذلك أن تكون الموسوعة الرافد الأساسي لتغذية الموسوعات الأخرى بأخبار السودان المعتمدة، إن الموسوعة السودانية في ظلال التعاون و التعاضض لا تعرف شيئاً إسمه اليأس أو الفشل ، فأمام كل شخص فرص متعددة للنجاح، إذا وُجد من يساعده على الإختيار الصحيح. والمجتمع السوداني، و أفراده مؤهلون للقيام بذلك ومجبولون على فعل الخير و هم أفضل من يقوم بذلك.